Pada peringkat permulaan, sebelum bangunan rasmi Sekolah Menengah Kebangsaan Bukit Mertajam (SMKBM) siap dibina sepenuhnya, murid SMKBM ditumpangkan di Sekolah Menengah Tinggi Bukit Mertajam sehingga tahun 1963. Pada ketika itu, terdapat beberapa kelas yang sudah menggunakan bahasa Melayu sebagai bahasa pengantar.
Pada tahun 1964, bangunan SMKBM siap dibina di kawasan seluas 4.05 hektar yang terletak di Kampung Batu iaitu 2km dari Bandar Bukit Mertajam. Justeru, kelas-kelas yang ditumpangkan di Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Bukit Mertajam dipindahkan ke bangunan yang baru ini. Ketika itu, Encik Mohd Din Bin Bahari dilantik sebagai Pengetua SMKBM yang pertama dengan bilangan murid seramai 325 orang. Pada 29 Jun 1966, sekolah ini dibuka secara rasminya oleh Menteri Pendidikan Malaysia pada ketika itu, Yang Berhormat Tuan Hj. Mohd Khir bin Johari.
Kini SMKBM merupakan sekolah gred A dengan bilangan tenaga pengajar seramai 94 orang dan 3 kaunselor. Perubahan jelas ketara apabila blok dan prasarana di sekolah dinaik taraf atas daya usaha pihak pentadbiran sekolah. Antaranya blok tingkatan 3, blok tingkatan 4, kawasan landskap sekolah, taman sains sekolah, tandas baru dan stor sukan. Inisiatif ini diambil dengan matlamat untuk memberi keselesaan kepada para murid demi mencapai visi dan misi sekolah
Pada tahun 2014, SMKBM menyambut ulang tahun ke-50, Majlis Makan Malam pada 27 September 2014 dijadikan agenda utama Sambutan Jubli Emas yang berjaya mengumpulkan bekas-bekas murid yang bertujuan membina hubungan baik antara semua warga SMKBM.
